北京大学医学部医学技术研究院成立于2019年，是医学部直属教学科研单位，重点承担教育部新批的医学技术一级学科的建设任务。医学技术学科是医学发展的重要驱动力之一，是探索医学领域人类未知世界的工具，是传统的医学类六大学科之外新增的一级学科，不仅为临床、基础、药学、公卫、护理、口腔等其他医学类一级学科提供工程技术支撑，同时也是重要的医学与理工学科间的桥梁性学科。

       医学技术学科下设智慧医疗工程与技术、医学影像技术、医学检验学、放射治疗物理学、健康数据科学、口腔医学技术、呼吸医学技术、康复治疗学、眼视光学9个二级学科方向。

作为全国首批建设的一级学科博士点，校领导高度重视，于2017年，首先成立医学技术研究发展中心，负责推动新兴学科建设的相关配套机制体制。2018年完成自主设置8个二级学科的论证，成立学术委员会、学位分会、教学指导委员会，并于2019年11月成立医学技术研究院，给予空间和人力支持与学科建设的保障。2019年9月首批41名研究生入学；10月获批一级学科博士后流动站；12月，在原有医学检验技术本科教学的基础上，启动医学影像技术本科招生工作。多层次人才培养体系形成，为培养支撑国家医疗装备产业自主创新的高端跨学科人才奠定基础。2017年至今，学科队伍的总科研经费逾1.4亿，国内外发表论文140余篇。医学技术研究院获批北京市高精尖学科“智慧医疗工程与技术”学科建设专项，依托专项，联合北京市科研院所、航天中心医院、首医附属临床医院建立首都区域科研教学平台。根据医学技术学科的前沿交叉特点，建立灵活的导师管理办法，师资队伍来自北京大学医学部及附属医院、信息科学技术学院、工学院、物理学院，由多名院士、长江学者、杰青、优青等高端教师组成。